截至2018年5月，学校设有21个学院，68个本科专业，涵盖经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学及艺术学等9个学科门类，基本形成了经济、法、教育、文、理、工、农、管理、艺术等综合性的专业结构体系。 有8个福建省一级重点学科（其中2个特色重点学科），1个水产学科博士后科研流动站；水产、船舶与海洋工程等2个一级学科博士点；水产、船舶与海洋工程、食品科学与工程、交通运输工程、应用经济学、体育学、数学、中国语言文学、生物学等9个硕士学位授权一级学科点；农业、工程、教育、税务等4个硕士专业学位类别。